在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。 在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。 在探索后发现，基地并没有幸存者。 在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。 海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。 神族文明发现地球文明已经不复存在。 同时ari当时备份在宇宙空间站的系统错误判定神族文明的来意，希望他们能帮助人类重建家园。 然而神族文明却已开始了殖民地球的计划。 外交舰队的任务是消灭地球残留文明建立新的秩序。 天空人和地表人将如何利用...
